از لحاظ سخت افزاری تفاوت چندانی نمی کنند تنها تفاوت این دو در سیستم عامل های نصب شده بر روی سرور می باشد. سرورهای لینوکس دارای سیستم عامل لینوکس و وب سرور آپاچی می باشند این سرورها فقط از زبانهای php و perl به خوبی پشتیبانی می کنند در حالی که سرورهای ویندوز دارای سیستم عامل ویندوز سرور می باشند که وب سرور آنها نیز IIS می باشد. سرورهای ویندوز بیشتر برای افرادی که برنامه نویسی ASP یا .NET و یا Cold Fusion‌ می کنند کاربر دارد. اما پویاهاست بر روی سرور های ویندوزی ایرانی خود از php و  mysql نیز پشتیبانی می کند.